В статье описывается разработка специализированного программного конвейера BIP (Barcode Inference Pipeline), созданного Центром геномики биоразнообразия (CBG) для обработки данных высокопроизводительного секвенирования. BIP предназначен для автоматизации процесса извлечения целевых ДНК-штрих-кодов из сложных смесей, которые могут содержать артефакты (химеры, ошибки ПЦР) или реальное биологическое разнообразие (паразиты, эндосимбионты). Методология включает в себя многоступенчатую обработку: фильтрацию по качеству и размеру, демультиплексирование, тримминг праймеров, поиск химер, коррекцию ошибок и определение операционных таксономических единиц (OTU). При анализе региона COI система также сопоставляет каждый OTU с известными идентификаторами BIN. В ходе тестирования на массиве из 100 000 образцов BIP продемонстрировал превосходство над существующим пакетом ONTbarcoder в задачах разделения целевых и нецелевых последовательностей. Инструмент поставляется в виде Docker-контейнера, что обеспечивает легкую интеграцию в биоинформатические рабочие процессы для анализа миллионов образцов ежегодно.