В статье представлен SegBio — новый инструмент с открытым исходным кодом, предназначенный для автоматизации высокопроизводительного фенотипирования биологических образцов. Основная проблема, которую решает разработка, заключается в трудоемкости ручной аннотации изображений с плотной компоновкой объектов (например, клеток или организмов). Методология SegBio включает интерактивный графический интерфейс, который позволяет создавать полные маски объектов на основе минимальных разметок центральных линий, что радикально снижает затраты времени на разметку. Система объединяет настраиваемый модуль обучения на базе архитектуры U-Net и автономное приложение для инференса с возможностью редактирования в режиме «человек в цикле» (human-in-the-loop). Исследование подтвердило эффективность метода на новом наборе данных изображений C. elegans, где модель достигла показателя паноптической точности (Panoptic Quality) около 0.85. Инструмент позволяет точно количественно оценивать морфологию и флуоресценцию каждого отдельного организма, что делает его масштабируемым решением для лабораторий, работающих с клеточными органеллами и другими плотными биологическими структурами.