В статье представлен ANCHOR — инновационный вычислительный фреймворк, предназначенный для анализа транскриптомов единичных клеток с использованием секвенирования РНК длинными чтениями. Методология ANCHOR объединяет в себе поиск вариантов на основе ориентированных графов (signed-graph variant caller), парное скрытое марковское моделирование и бета-биномиальную агрегацию UMI. Это позволяет проводить обнаружение экспрессируемых вариантов de novo, назначать гаплотипы на уровне отдельных молекул и количественно оценивать аллельную экспрессию для конкретных изоформ без необходимости в предварительно фазированном генотипе или использовании глубокого обучения. В ходе бенчмаркинга на данных человека ANCHOR продемонстрировал превосходство над существующими инструментами при низком и умеренном покрытии, а использование бета-биномиальной модели позволило значительно снизить количество ложноположительных результатов при тестировании аллель-специфичной экспрессии. Применение метода на данных мышиных эмбрионов в процессе гаструляции позволило успешно выявить специфичные для типов клеток импринтинговые эффекты и обнаружить антагонистическую матерински-смещенную изоформу гена Sgce. Данный инструмент открывает новые возможности для детального изучения диплоидных транскриптомов на уровне единичных клеток.