Исследование оценивает возможность использования встраиваний (embeddings) от четырёх языковых моделей белков (ESM-1b, ESM-2, ProtT5, ProstT5) для оценки попарного структурного сходства белков без выполнения выравнивания последовательностей. Бенчмарк включает 20 445 пар белков PISCES с идентичностью последовательности ≤30%, представляющих «сумеречную зону», где традиционные методы часто не работают. В качестве эталона структурного сходства использован TMmin, полученный через TM-align. Среди метрик сходства (косинусное сходство, евклидово, манхэттенское, RBF-ядро, скалярное произведение) косинусное сходство показало наилучшие результаты для всех четырёх моделей. ProstT5 достиг наивысшей корреляции Спирмена с TMmin, за ним следуют ESM-2, ProtT5 и ESM-1b; все четыре модели превзошли BLASTP. Преимущество встраиваний PLM наиболее выражено для пар белков с наименьшей идентичностью последовательности. ProstT5 также обеспечил лучшую дискриминацию между структурно схожими и несхожими парами белков при оптимальном балансе производительности и вычислительных затрат.