Исследователи представили ECLIPSE (ESKAPE Connectome Linkage and Inference for Proteome Sequence Exploration) — инновационную вычислительную платформу на основе сетевого анализа для поиска новых мишеней антибиотикорезистентности. Метод интегрирует протеомы патогенных бактерий в глобальную сеть сходства последовательностей Protein Universe Atlas, позволяя выявлять «темный протеом» — группы неаннотированных белков, не имеющих известных гомологов. В ходе тестирования на панпротеоме из 3 460 657 последовательностей (635 штаммов Pseudomonas aeruginosa) система обнаружила 120 985 белков (4%), находящихся в полностью «темных» компонентах. Для приоритизации целей была разработана многомерная система оценки DPPS (Dark Proteome Prioritisation Score), учитывающая функциональную неизвестность, таксономическую специфичность и консервативность. Валидация одного из приоритетных кандидатов выявила новый бета-бочонковый фолд семейства DUF1302, не имеющий структурных аналогов в PDB, который локализован рядом с регулятором типа LuxR. Данный подход позволяет эффективно выделять эволюционно консервативные и структурно определенные белки, которые могут стать ключевыми мишенями для разработки новых противомикробных препаратов.