В исследовании представлен Diff-Switch — инновационный фреймворк для проектирования белков-переключателей (protein switches), способных менять свою структуру в ответ на биохимические стимулы. В отличие от существующих методов, оптимизированных под одну стабильную структуру, Diff-Switch использует предобученные диффузионные модели для генерации ансамблей разнообразных структурных состояний. Методология сочетает контроль локальной геометрии доменов с механизмом reward-tilting и смещением в пространстве коллективных переменных (вдохновленным метадинамикой), что позволяет избегать повторения одних и тех же конформаций. Тестирование на наборе из 20 различных белков показало, что использование сгенерированных ансамблей значительно повышает вероятность успешного нахождения последовательностей, совместимых с механизмом переключения, по сравнению с базовыми методами сэмплирования. Разработанный подход позволяет автоматизировать сложный процесс дизайна многостабильных белков, который ранее требовал глубоких экспертных знаний. Полученные результаты имеют критическое значение для биоинженерии и разработки новых терапевтических белков и сенсоров.