VICAST (Viral Cultured-virus Annotation and SnpEff Toolkit) — это программный комплекс для анализа эволюции вирусов в клеточных культурах, позволяющий проводить аннотацию геномов и выявлять варианты с частотой 3-50%, что критически важно для понимания аттенуации вирусов и адаптации к хозяину. В отличие от существующих инструментов, которые обрабатывают эти задачи раздельно, VICAST объединяет полуавтоматическую аннотацию с ручными контрольными точками и интеграцией с SnpEff для функционального анализа вариантов. Инструмент поддерживает четыре пути аннотации для различных типов геномов, включая полипротеины, неаннотированные и сегментированные геномы, а также включает модуль ко-возникновения чтений на уровне BAM для валидации гаплотипов. Валидация проводилась на трёх вирусах: SARS-CoV-2 (полипротеиновая аннотация), Dengue virus 2 (стандартная флавивирусная аннотация) и Influenza A H1N1 (многокомпонентный геном). По сравнению с VADR VICAST работает в 5.6-8.1 раз быстрее и включает встроенную проверку на контаминацию. Инструмент уже произвёл валидированные аннотации для Chikungunya virus (NC_004162.2), которые включены в кастомную базу SnpEff. VICAST распространяется бесплатно через GitHub в виде Docker-контейнеров и conda-пакетов.