вычислительная химия

В исследовании представлен новый метод машинного обучения ViSNet-PIMA для моделирования не только локальных, но и некольких взаимодействий в биомолекулах с использованием физически обоснованного мультипольного агрегатора (PIMA). Традиционные поля сил на основе машинного обучения (MLFF) ограничены моделированием локальных взаимодействий, что снижает точность расчетов для биомолекулярной динамики. ViSNet-PIMA демонстрирует превосходство над существующими передовыми MLFF моделями при предсказании энергий и сил для различных типов биомолекул и конформаций на наборах данных MD22 и AIMD-Chig. При интеграции PIMA-блоков в другие MLFF модели достигается прирост производительности на 55,1%, что подтверждает универсальность предложенного подхода. Исследователи также внедрили ViSNet-PIMA в симуляционную программу AI2BMD, используя схему трансферного обучения с предобучением и дообучением, что позволило заменить механические расчеты нековалентных взаимодействий в белковых фрагментах. Новый подход снижает ошибки расчетов энергии и сил в AI2BMD более чем на 50% для различных конформаций белков и процессов фолдинга/разворачивания белков. Данная работа расширяет возможности ab initio расчетов для целых биомолекул и усиливает применение ИИ-симуляций молекулярной динамики в биохимических исследованиях.