Исследование представляет simCRISPR — гибкую программную среду для симуляции данных пулированных CRISPR-скринингов, разработанную для решения проблемы отсутствия «золотого стандарта» при тестировании методов обнаружения взаимодействий «ген-среда» (GxE). Авторы создали фреймворк, который позволяет моделировать сложные экспериментальные дизайны, имитируя реальные условия лабораторных исследований. В ходе тестирования популярных методов анализа было установлено, что нормализация на основе sgRNA в «безопасных гаванях» (safe-harbor) значительно повышает точность обнаружения взаимодействий, особенно при наличии эффектов, связанных с повреждением ДНК. Применение предложенного рабочего процесса к реальному скринингу взаимодействия с доксорубицином показало, что такая нормализация снижает систематическую ошибку в распределении log₂FC и позволяет выявить дополнительные биологически значимые гены-кандидаты. Инструмент предоставляет возможность более точной калибровки порогов эффекта (log₂FC) для таких алгоритмов, как DESeq2, что критически важно для интерпретации генетических взаимодействий. Программный код simCRISPR доступен в открытом репозитории GitHub для использования в биоинформатических исследованиях.