Nextstrain — это онлайн-платформа для автоматизированного генетического надзора за 21 вирусом и бактериальным патогеном Mycobacterium tuberculosis, обеспечивающая непрерывное обновление данных в реальном времени. Система автоматически выполняет цепочку операций: получение и курирование открытых последовательностей генома, классификация по установленным номенклатурным системам, филодинамический анализ и публичная публикация результатов. Большинство анализов выполняются ежедневно, предоставляя актуальные снимки эволюции патогенов. Платформа использует исключительно открытые данные последовательностей, что делает её доступной для научного сообщества. Все исходные коды доступны на GitHub, результаты визуализации и скачивания — на nextstrain.org/pathogens, а открытые данные и метаданные размещены в отдельном каталоге файлов. Такой подход позволяет общественному здравоохранению получать почти мгновенную информацию об эволюционных и эпидемиологических динамических процессах, что критически важно для принятия своевременных и целенаправленных мер по контролю заболеваний. Платформа демонстрирует, как автоматизация и машинное обучение могут трансформировать эпидемиологический надзор и реагирование на вспышки инфекционных заболеваний.