В статье представлена SpecGP — инновационная модель на базе архитектуры Transformer, разработанная для предсказания структурных спектров N-гликопептидов. Ключевой особенностью модели является способность учитывать различные уровни энергии столкновения (collision energies), что позволяет прогнозировать спектры фрагментарных ионов с высокой точностью. Исследование направлено на решение критической проблемы дифференциации изомеров гликопептидов, которая часто затруднена при стандартных методах масс-спектрометрии. Использование SpecGP значительно расширяет покрытие фрагментарных ионов, что напрямую повышает достоверность идентификации сложных гликозилированных структур. Внедрение модели в процессы рескоринга (rescoring) позволяет существенно увеличить уверенность в результатах масс-спектрометрического анализа. Данная разработка имеет высокую значимость для протеомики и биомедицинских исследований, где точная характеристика гликозилирования критична для понимания механизмов заболеваний.