В исследовании представлена инновационная гибридная архитектура FluQRC, сочетающая квантовые и классические резервуарные вычисления для предсказания антигенной дистанции между штаммами вируса гриппа A/H3N2. Данный метод призван заменить трудоемкие и низкопроизводительные традиционные тесты на ингибирование гемагглютининa (HI), что критически важно для своевременного выбора вакцинных штаммов. Методология тестировалась на двух массивах данных: историческом (1963–2002 гг., 73 441 пара) и современном (2003–2025 гг., 788 544 пары). На более сложном наборе данных 2003–2025 гг. модель FluQRC показала превосходство над всеми базовыми алгоритмами, достигнув показателей MAE = 0,369, RMSE = 0,635 и R² = 0,900. В сравнении с лучшим существующим аналогом, точность модели (MAE) увеличилась на 20,3%, а ошибка (RMSE) снизилась на 14,3%, при этом коэффициент детерминации R² вырос с 0,862 до 0,900. Результаты подтверждают высокую масштабируемость и эффективность квантово-классического подхода для крупномасштабного эпидемиологического прогнозирования.