В исследовании представлен RIPPLE (Replicate-Aware Inference of Paracrine Profiles via Likelihood Estimation) — новый программный пакет на языке R, предназначенный для анализа пространственной транскриптомики. Инструмент позволяет систематически декодировать межклеточные сигнальные пути, выявляя гены, экспрессия которых меняется в зависимости от расстояния до конкретного типа клеток. При тестировании на наборе данных 10x Xenium (мышиный лимфатический узел) алгоритм успешно восстановил каноническую программу ответа CCL21 в Т-клетках и подмножествах дендритных клеток с полной согласованностью знаков во всех образцах. В ходе анализа когорты немелкоклеточного рака легкого (CosMx) RIPPLE идентифицировал 515 генов градиента близости к опухоли, охватив 17 типов клеток. В частности, метод выделил IGFBP5 как ведущий маркер рак-ассоциированных фибробластов. Данная разработка предоставляет исследователям ранжированные списки паракриновых кандидатов, что критически важно для понимания микроокружения опухолей и разработки новых терапевтических стратегий.