Исследователи представили G-VEP — инновационный фреймворк для аннотации вариантов, использующий графические процессоры (GPU) для преодоления вычислительных ограничений при полногеномном секвенировании (WGS). Основная проблема текущих методов заключается в том, что плагины Variant Effect Predictor (VEP) ограничены скоростью ввода-вывода, что составляет более 70% времени работы конвейера. Разработанное решение базируется на кастомном ядре CUDA, которое заменяет последовательный поиск по базам данных массивно-параллельным бинарным поиском по предварительно вычисленным индексам. Тестирование показало впечатляющие результаты: время работы плагинов сократилось с 72 до 4 минут (ускорение в 17 раз), а общее время аннотации — со 100 до 33 минут (ускорение в 3 раза). Важно, что G-VEP обеспечивает полную идентичность результатов стандартному VEP, сохраняя точность обнаружения патогенных вариантов на 75 клинических образцах WGS. Инструмент требует всего 8,8 ГБ видеопамяти, что позволяет использовать его на потребительских GPU с 16 ГБ памяти, и доступен как через веб-интерфейс, так и в виде открытого исходного кода.