В исследовании представлен STAMO — инновационная модель на основе графовых нейронных сетей с механизмом внимания (graph attention neural network), предназначенная для интеграции пространственных мультиомиксных данных. Основная проблема существующих методов заключается в игнорировании пространственной информации при работе с непарными срезами тканей, что ведет к ошибкам при сопоставлении различных омиксных слоев. STAMO успешно решает эту задачу, обеспечивая точное выравнивание эмбеддингов и идентификацию консенсусных пространственных доменов. Методология была протестирована на различных типах данных, включая пространственный эпигеном, транскриптом, ДНК и белки. Результаты бенчмаркинга на парах эпигеном-транскриптом подтвердили превосходство STAMO над современными аналогами (state-of-the-art). Кроме того, модель позволяет осуществлять кросс-омиксную генерацию данных, что открывает новые возможности для изучения механизмов генной регуляции в специфических пространственных регионах тканей. Это имеет критическое значение для прецизионной медицины и понимания молекулярной архитектуры заболеваний.