В данной научной работе представлена новая теоретическая модель для эволюционного моделирования последовательностей, направленная на учет локальной гетерогенности и дальних связей между сайтами. Авторы используют процесс Дирихле для разделения сайтов на совместно эволюционирующие классы, что позволяет интегрировать структуру ко-эволюции в рамках модели TKF92. Методология включает переход от парной скрытой марковской модели TKF92 к стохастической контекстно-свободной грамматике и разработку механизма вывода на основе сэмплера Гиббса-Метрополиса. Исследование решает ряд математических задач, включая нахождение точных достаточных статистик для компонента линейного рождения-смерти-иммиграции и закрытие пробелов в предельных значениях модели. В ходе тестирования на 1000 семейств Pfam модель с K=4 классами сайтов показала наличие ковариации около 0,54 нат на каждую пару классов сверх стандартной модели замещения. Результаты работы расширяют возможности биоинформатического моделирования выравнивания последовательностей с учетом сложных структурных взаимодействий.