В статье представлен Looplook — новый программный комплекс (R-пакет), предназначенный для реконструкции высокоточных пространственных регуляторных сетей на основе данных о 3D-архитектуре хроматина. Основная проблема существующих методов заключается в высоком уровне ложноположительных результатов, так как они учитывают все физические контакты без учета их функциональной активности. Разработчики внедрили алгоритм уточнения на основе транскриптома, который позволяет отсеивать транскрипционно неактивные контакты, значительно повышая соотношение сигнал/шум. Методология включает использование кластеризации связанных компонентов для консолидации данных из нескольких источников и двунаправленную пространственную аннотацию между петлями хроматина и линейными геномными признаками. В ходе исследования на клетках липосаркомы было доказано, что Looplook эффективно идентифицирует сети, зависящие от FOSL2 и BRD4, демонстрируя высокую чувствительность к деградации BRD4. Данный инструмент предоставляет исследователям возможность превращать сырые данные о физических контактах в биологически значимые сети регуляции генов.