Исследователи представили Halo — инновационную предобученную модель, предназначенную для решения критической проблемы пространственной транскриптомики: точной сегментации границ целых клеток при наличии только изображений ядер. Методология Halo основана на интеграции морфологии ядер с пространственным распределением РНК-транскриптов, где координаты транскриптов преобразуются в карты молекулярной плотности. Эти карты обрабатываются совместно с DAPI-изображениями с использованием архитектуры сегментации Cellpose-SAM. Модель прошла предварительное обучение на мультимодальных данных Xenium, охватывающих 12 различных типов тканей, что позволяет использовать её напрямую на новых наборах данных без необходимости дополнительного обучения. Результаты показывают, что Halo значительно превосходит стандартную стратегию «расширения ядер» (nuclear expansion), обеспечивая более высокое соответствие истинным границам клеток и точность назначения РНК конкретным клеткам. Применение Halo позволяет получать более надежные данные для идентификации типов клеток и точной оценки их морфологических признаков, делая процесс сегментации масштабируемым и воспроизводимым.