В данном исследовании анализируется статистическая надежность методов реконструкции филогенетических деревьев, использующих минимизацию количества исправлений ошибок («флипов») для соответствия модели совершенной филогении. Авторы доказывают, что при наличии любых положительных уровней ошибок такие целевые функции являются статистически непоследовательными: в среднем дерево с минимальной стоимостью исправлений не обязательно совпадает с истинной топологией. Проблема заключается в систематическом смещении, когда определенные топологии деревьев способны объяснять паттерны мутаций с меньшим количеством ошибок, чем произошло на самом деле. В ходе симуляций, откалиброванных по данным секвенирования единичных клеток (single-cell sequencing), было обнаружено, что неверное дерево выбирается в существенной части случаев, превышая 50% в определенных условиях. Установлено, что при типичных для секвенирования уровнях ошибок предпочтение отдается деревьям с более глубокой и несбалансированной топологией. Результаты подчеркивают, что данная ошибка не является теоретическим исключением, а представляет собой широко распространенную проблему при интерпретации эволюционных данных.