В статье представлена платформа ISP (In Silico Perturbation), которая автоматизирует виртуальные генетические скрининги с использованием фундаментальной модели Geneformer, устраняя необходимость в программировании. Платформа поддерживает три ключевых направления: межвидовой анализ (с независимым выбором моделей для человека или мыши), последовательные многогенные возмущения (где каждое следующее изменение зависит от состояния, полученного на предыдущем шаге) и скрининг множественных генов. Исследователи применили платформу к наборам данных одноядерной РНК-секвенирования (scRNA-seq) индуцированных плюрипотентных стволовых клеток (ИПСК). В ходе скрининга всех 24 перестановок факторов Яманаки был выявлен оптимальный порядок их сверхэкспрессии, обеспечивающий максимальный сдвиг к плюрипотентному состоянию. Межвидовой анализ показал асимметричную конвергенцию: модель человека успешно захватила программы плюрипотентности мыши, тогда как модель мыши, примененная к клеткам человека, выявила преимущественно термины, связанные с трансляцией. Дополнительно парный скрининг сверхэкспрессии выявил новых кандидатов, модулирующих переход от примитивного к наивному состоянию, выходящих за рамки традиционных маркеров NANOG и KLF2. Этот фреймворк позволяет направлять экспериментальную валидацию и сокращать использование лабораторных животных.