В статье представлен MSstatsBioNet — новый пакет для программной среды Bioconductor, предназначенный для автоматизации биологической интерпретации данных масс-спектрометрии. Инструмент объединяет возможности семейства пакетов MSstats, используемых для обнаружения дифференциально экспрессируемых белков, с системой INDRA, которая извлекает биомолекулярные сети из медицинской литературы с помощью интеллектуального текстового анализа (text mining). Методология позволяет пользователям автоматически получать подсети белков и накладывать на них экспериментальные данные об изменении кратности (fold changes), создавая визуальную модель биологических механизмов. В отличие от стандартных методов, MSstatsBioNet позволяет не просто составить список белков, а интегрировать их в контекст существующих знаний о белковых взаимодействиях и функциях. Авторы подтвердили эффективность подхода на трех практических кейсах, изучив изменения как в общем содержании белков, так и в уровнях их фосфорилирования. Данный инструмент значительно ускоряет процесс генерации гипотез и позволяет строить детализированные механистические сценарии на основе первичной научной литературы.