COVID-19

Исследователи разработали MEGA-ODE — инновационный фреймворк на основе графовых нейронных обыкновенных дифференциальных уравнений для реконструкции динамических омиксных ландшафтов из разреженных временных данных. Метод интегрирует молекулярно-сетевые приоры, графовые нейронные ODE и контекстно-адаптивную маршрутизацию mixture-of-experts для предсказания неизмеренных молекулярных состояний и приоритизации виртуальных возмущений. На транскриптомных данных L1000 и протеомных данных CPPA модель превзошла базовые методы в предсказании удержанных признаков и ненаблюдаемых возмущений, а во временных рядах инфекции SARS-CoV-2 продемонстрировала конкурентоспособное прогнозирование будущих точек времени. В когорте пациентов с COVID-19 предсказанные промежуточные профили улучшили ретроспективную стратификацию по стадиям заболевания относительно только наблюдаемых профилей, при этом экспертные программы выделили иммунные и воспалительные сигналы, ассоциированные с тяжестью течения. В кейс-стади ответа на препараты MAPK и дифференциации стволовых клеток атрибуции приоритизировали связанные с возмущениями рёбра MAPK, регуляторы развития и отношения транскрипционных факторов с мишенями, подтверждённые независимым ChIP-seq анализом промоторных областей. При дифференциации эмбриональных стволовых клеток человека в дефинитивную энтодерму MEGA-ODE приоритизировал кандидаты транскрипционных факторов-возмущений, предсказанно смещающих профили 12-36 часов toward 96-часовые сигнатуры маркеров дефинитивной энтодермы, превращая навигацию траектории в конкретную задачу генерации гипотез для биомедицинских исследований.