Представлено новое программное обеспечение Ontologizer 3 — десктопное приложение для проведения анализа сверхпредставленности терминов Gene Ontology (GO). Инструмент предлагает два дополняющих друг друга метода: частотный подход на основе одностороннего точного теста Фишера и байесовский подход с использованием анализа наборов генов на основе моделей (MGSA). Исследование показало, что из-за иерархической структуры GO термины сильно пересекаются, что приводит к различиям в результатах: частотный метод выдает длинные списки дублирующихся терминов, в то время как MGSA формирует лаконичный набор наиболее значимых категорий. Тестирование на симулированных данных с известной истинной базой подтвердило, что оба метода способны идентифицировать причинно-следственные термины, однако байесовский метод (MGSA) демонстрирует существенно более высокую точность (precision). Приложение реализовано на стеке Tauri с бэкендом на Rust и фронтендом на Angular, обеспечивая кроссплатформенную совместимость с Windows, macOS и Linux. Программный продукт распространяется по лицензии MIT и доступен бесплатно через GitHub.