В статье представлена pyfraglib — комплексная программная платформа, предназначенная для глубокого анализа фрагментомики внеклеточной ДНК (cfDNA), включая профили длины фрагментов, показатели защиты (WPS) и мотивы концов фрагментов. Разработчики объединили в одном пакете инструменты для извлечения данных из коротких и длинных чтений секвенирования, статистическое моделирование (с использованием гауссовых смесей и NMF-декомпозиции) и модуль для in silico симуляций. В ходе тестирования на двух симулированных когортах по 20 образцов платформа успешно восстановила заданные различия в характеристиках фрагментов. Практическая значимость подтверждена на наборе из 89 образцов при лимфоме центральной нервной системы (CNSL): авторы разработали комбинированный фрагментомический показатель, объединяющий NMF-сигнатуры и мотивы концов фрагментов. Применение этого показателя на плазме пациентов позволило выявить группу высокого риска с худшей выживаемостью без прогрессирования заболевания (log-rank p=0.0205). Платформа доступна через Python API, интерфейс командной строки и конвейер Nextflow, что делает её мощным инструментом для биомедицинских исследований.