В статье представлен метод HANAMI (Heterogeneous grAph coNtrastive leArning for drug-gene-disease Motif predIction) — глубокая графовая нейросетевая модель для предсказания взаимосвязей между лекарствами, генами и заболеваниями. Метод использует контрастивное обучение на гетерогенных графах для интеграции разнородных биомедицинских данных: химических структур, геномных последовательностей и клинических фенотипов. Архитектура включает кодирование топологии с учетом связей и агрегацию с учетом структуры, что позволяет улавливать сложные высшие топологические сигнатуры биологических интерактомов. Систематическая оценка на бенчмарках показала улучшение до 6% по сравнению с существующими методами SOTA в предсказании мотивов. Особое значение имеет способность модели к индуктивному обобщению: в условиях zero-shot (для ранее не встречавшихся сущностей) преимущество над аналогами составляет около 18%. Модель эффективно ранжирует пары лекарство-болезнь, которые впоследствии исследуются в клинических испытаниях II и III фаз, выявляя кандидаты в гены с правдоподобными механизмами действия. HANAMI предлагает масштабируемую вычислительную основу для интерпретации сложных биомедицинских взаимодействий, ускоряя репозиционирование лекарств и разработку новых терапий.