В статье представлен новый количественный метод Inter-Sample Consistency (ISC), предназначенный для решения критической проблемы точности аннотации типов клеток в исследованиях транскриптомики единичных клеток (single-cell RNA-seq). Авторы утверждают, что биологическая значимость метки типа клетки определяется её воспроизводимостью на молекулярном уровне между различными биологическими репликами. В отличие от существующих методов кластеризации, фреймворк ISC позволяет отличить истинные биологические паттерны от технических шумов и нежелательной вариативности. При тестировании на опубликованных атласах единичных клеток метод выявил значительные пробелы в воспроизводимости существующих аннотаций. Разработанный инструмент позволяет проводить бенчмаркинг автоматизированных инструментов аннотации даже при отсутствии «золотого стандарта» (ground truth). Практическая реализация метода представлена в виде Bioconductor-пакета scTypeEval, который может использоваться исследователями для исправления несоответствий и повышения качества анализа данных омики.