Исследование посвящено проблеме «осиротевшего» научного программного обеспечения, которое перестаёт поддерживаться после ухода разработчиков, что ведёт к потере ценных вычислительных методов и предметных знаний. Авторы продемонстрировали систематический подход к реинжинирингу заброшенного MATLAB-инструментария NuMorph для анализа изображений световой листовой микроскопии, преобразовав его в рабочий процесс nf-core/lsmquant на платформе Nextflow. Новый пайплайн разработан в соответствии с руководящими принципами сообщества nf-core, что обеспечило соответствие принципам FAIR (Findable, Accessible, Interoperable, Reusable) для исследовательского программного обеспечения. Реинжиниринг сохранил оригинальные научные методы при сопоставимых вычислительных затратах, одновременно улучшив переносимость, воспроизводимость и поддерживаемость кода. Интеграция в экосистему nf-core создала основу для распределённой поддержки через сообщество разработчиков, а модульная архитектура упростила адаптацию workflow к дополнительным наборам данных микроскопии. Работа показывает практическую стратегию восстановления осиротевшего исследовательского ПО и его интеграции в современные переиспользуемые исследовательские экосистемы. Ключевые технологии включают Nextflow для управления рабочими процессами и стандарты сообщества nf-core для обеспечения устойчивости программного обеспечения.