В статье представлен PERREO — новый комплексный биоинформатический инструмент, предназначенный для глубокого анализа экспрессии повторяющихся элементов (транспозонов) на основе данных секвенирования коротких и длинных чтений. Традиционные методы RNA-seq часто игнорируют или недооценивают молекулы РНК, происходящие из повторяющихся элементов, так как они оптимизированы под аннотированные гены. PERREO решает эту проблему, обеспечивая полный цикл обработки данных: от контроля качества и специфического для повторов выравнивания до анализа дифференциальной экспрессии и сборки транскриптов de novo. Авторы провели валидацию инструмента на клеточных линиях, опухолевых тканях и жидкостной биопсии, подтвердив его превосходную чувствительность к сигнатурам повторяющейся РНК по сравнению со стандартными подходами. Интеграция прогностического моделирования в пайплайн позволяет выявлять биологические ассоциации и строить сети ко-экспрессии. Данная разработка значительно снижает биоинформатический порог входа для исследователей, открывая новые возможности для изучения роли репотома в развитии онкологических заболеваний и других патологий.