Представлен GeneAutomate — специализированный веб-инструмент для сравнительного анализа функциональной геномики, предназначенный для одновременной обработки двух списков генов (например, из разных групп лечения или тканей). В отличие от существующих сервисов вроде DAVID или Enrichr, работающих с одиночными списками, GeneAutomate реализует анализ обогащения (ORA) по базам Gene Ontology и Reactome, а также GSEA при наличии ранжированных данных. Уникальность архитектуры заключается в использовании предварительно скомпилированной офлайн-базы данных объемом 32 МБ, где все идентификаторы (Ensembl, Entrez, символы) сопоставлены с единым целочисленным индексом, что исключает задержки при запросах к серверам. Платформа предлагает 13 интерактивных видов визуализации на базе D3.js и Cytoscape.js, включая тепловые карты RRHO, «радарные» диаграммы функциональных отпечатков GO-slim и диаграммы перекрестных связей (chord diagrams). Инструмент позволяет извлекать подграфы белок-белковых взаимодействий (PPI) из базы BioGRID, обеспечивая глубокую интеграцию данных без необходимости локальной установки ПО или использования R/Bioconductor. На текущем этапе разработка ограничена только видами Homo sapiens и анализом не более трех списков одновременно.