визуализация данных

В статье представлен StrucTTY — инновационный инструмент для визуализации структур белков, разработанный специально для работы в текстовых терминалах и высокопроизводительных вычислительных средах (HPC). Проблема отсутствия инструментов для интерактивного просмотра белковых структур в SSH-сессиях решается с помощью самодостаточного исполняемого файла, который преобразует трехмерные координаты PDB и mmCIF файлов в ASCII-графику. Программа позволяет пользователям осуществлять вращение, масштабирование и перемещение структур, а также изучать особенности цепей и вторичные структуры белков. Ключевой особенностью является поддержка одновременного отображения до девяти белковых структур и возможность прямой визуализации структурного выравнивания на основе данных Foldseek. Это позволяет проводить быстрый сравнительный анализ в «headless» средах без необходимости использования графических интерфейсов. Инструмент представляет значительный интерес для специалистов по структурной биологии, работающих с большими данными в удаленных вычислительных кластерах.

Исследователи разработали ExposoGraph — интерактивную платформу на базе графа знаний, предназначенную для системного анализа взаимодействия генов и окружающей среды в контексте риска развития рака. Платформа объединяет разрозненные данные о канцерогенных воздействиях, метаболической активации, детоксикации и повреждениях ДНК в единую визуальную структуру. В текущую версию графа интегрированы данные из авторитетных источников, таких как IARC, KEGG и CPIC, включая 96 узлов пяти типов (канцерогены, ферменты, метаболиты, аддукты ДНК и пути) и 102 ребра связей. Система охватывает 9 классов канцерогенов и 15 ключевых агентов, детально отображая работу 36 ферментов, распределенных по фазам метаболизма (I, II, III) и процессам репарации ДНК. Особое внимание уделено кросс-путевым связям, например, метаболизму андрогенов и их влиянию на образование аддуктов ДНК через ароматизацию CYP19A1. Несмотря на то, что инструмент позиционируется как исследовательская платформа, он обладает высоким потенциалом для генерации гипотез в персонализированном моделировании рисков.

Проведен комплексный библиометрический анализ публикаций за период с 2000 по 2025 год, посвященных применению ИИ в изучении сонных артерий. Исследование выявило переход к прецизионной медицине на основе мультимодальных данных и подчеркнуло растущую роль ИИ в ранней диагностике и мониторинге заболеваний.

Представлен Odon — высокопроизводительный десктопный инструмент на языке Rust, разработанный для интерактивного исследования мультиплексных данных пространственной протеомики и транскриптомики. Программа оптимизирована для работы с форматом OME-Zarr и поддерживает потоковую передачу данных из облачных хранилищ (HTTP, S3) с использованием тайлового метода загрузки. В ходе бенчмарков Odon продемонстрировал исключительную скорость: загрузка 32 ГБ изображения (36-plex whole-slide) заняла менее 1 секунды, что в 10 раз быстрее QuPath (10,14 сек) и в 35 раз быстрее Napari (35 сек). Благодаря GPU-ускоренному конвейеру композиции, инструмент обеспечивает плавную визуализацию более чем 1 000 000 сегментированных клеток, преодолевая ограничения существующих решений. Функционал включает живое пороговое управление (thresholding), выбор клеток и режим мозаики для одновременного анализа сотен областей интереса в когортных исследованиях. Это делает Odon критически важным инструментом для быстрой детекции артефактов окрашивания и масштабируемого анализа пространственных данных в современной биомедицине.

Представлен новый инструмент gbdraw, предназначенный для автоматизированного создания графических диаграмм циклических и линейных геномов микроорганизмов и органелл. Разработчик предлагает решение проблемы выбора между сложными библиотеками для программирования и громоздкими графическими приложениями. Инструмент поддерживает работу с форматами GenBank, DDBJ, а также комбинациями GFF3 и FASTA. Основной функционал включает визуализацию аннотированных признаков, построение графиков GC-состава и GC-skew, а также возможность проведения сравнительного геномного анализа. Ключевой особенностью является архитектура без использования сервера: веб-приложение работает полностью в браузере пользователя, что гарантирует безопасность конфиденциальных данных, так как последовательности не передаются на удаленные серверы. gbdraw доступен как в виде GUI-приложения, так и в виде утилиты командной строки на языке Python 3.10+, распространяется под лицензией MIT и может быть установлен через Bioconda.