В статье представлен PMBB Geno-Pheno Toolkit — специализированный набор модульных конвейеров на базе Nextflow, предназначенный для проведения масштабных ассоциативных анализов в биобанках, связанных с электронными медицинскими картами (EHR). Основная проблема, которую решает инструмент, заключается в фрагментации данных и несовместимости вычислительных инфраструктур различных институтов. В состав набора входит семейство конвейеров SAIGE, поддерживающих полногеномный (GWAS), экзомный (ExWAS) и феномновый (PheWAS) анализы, а также инструменты GWAMA и ExWAS для проведения мета-анализов и репликации результатов между различными биобанками. Все компоненты системы контейнеризированы с использованием Docker и Apptainer, что обеспечивает беспрепятственный запуск рабочих процессов на локальных HPC-кластерах, облачных платформах и в среде All of Us Research Workbench без необходимости изменения кода. Дополнительно инструментарий включает возможности для полигенного скоринга, гармонизации фенотипов и LD-клампинга на базе PLINK. Данная разработка значительно повышает воспроизводимость и масштабируемость биомедицинских исследований, позволяя объединять разрозненные геномные и фенотипические наборы данных.