В статье представлен scRepresenter — новый инструмент с открытым исходным кодом, предназначенный для решения проблем разреженности данных и гетерогенности при анализе scRNA-seq. Авторы разработали комплексный рабочий процесс, который позволяет вычислять, интегрировать и валидировать клеточные эмбеддинги, полученные как с помощью масштабных моделей-оснований (foundation models), так и через методы, опирающиеся на биологические знания. Инструментарий включает в себя интерфейс командной строки для автоматизации вычислений и интерактивное приложение Shiny для визуального сравнения различных типов репрезентаций. scRepresenter поддерживает четыре ключевые категории эмбеддингов: экспрессионные, основанные на знаниях, производные от моделей-оснований и гибридные модели. Система принимает на вход матрицу подсчета экспрессии генов по клеткам и выдает интегрированный объект, готовый к глубокому анализу. Данная разработка имеет критическое значение для изучения сложных заболеваний, таких как боковой амиотрофический склероз (БАС), позволяя исследователям более точно идентифицировать переходные состояния клеток.