В исследовании представлен новый биоинформатический подход для полногеномного поиска гомологов бактериальных некодирующих РНК (нРНК), который преодолевает ограничения традиционного поиска по сходству последовательностей. Методология объединяет предсказание субоптимальных вторичных структур с использованием алгоритма скользящего окна в межгенных областях (IGR) и анализ геномного синтенного порядка. Важной инновацией стало использование ChatGPT для автоматизации идентификации биологических связей между генами с различными функциональными аннотациями, что позволило уточнить контекст синтенного анализа. В ходе тестирования метода были успешно обнаружены новые гомологи РНК spot42 (ген spf) в геномах Glaciecola и Pseudoalteromonas, а также гены РНК ms1 в геномах Frankia и Bifidobacterium, которые ранее не удавалось идентифицировать стандартными методами. Результаты демонстрируют высокую эффективность интеграции структурных данных и ИИ-ассистированного анализа для расширения понимания регуляторных элементов бактериальных геномов.