Исследование представляет HalluDesign-NA — инновационный фреймворк, предназначенный для проектирования функциональных нуклеиновых кислот (ДНК и РНК) с нуля (de novo). Авторы расширили существующую архитектуру HalluDesign, интегрировав в неё специализированный модуль NA-MPNN для оптимизации последовательностей нуклеиновых кислот. Методология базируется на итеративной совместной оптимизации структуры и последовательности, что позволяет преодолеть ограничения текущих моделей, таких как AlphaFold3, в вопросах направленного дизайна. Компьютерное бенчмаркирование охватило задачи проектирования одноцепочечной ДНК (ssDNA), одноцепочечной РНК (ssRNA) и аптамеров. Результаты тестов показали стабильный рост показателей достоверности моделей, включая pLDDT и ipTM, при соблюдении различных ограничений по длине последовательности, симметрии и контексту белковых структур. Данная разработка имеет критическое значение для биомедицины и биотехнологий, открывая путь к созданию новых терапевтических агентов и биосенсоров на основе искусственно сконструированных нуклеиновых кислот.