В статье представлен Hobrac — новый автоматизированный рабочий процесс, предназначенный для решения критических проблем при сравнении целых геномов и изучении их эволюции. Основная задача инструмента заключается в преодолении двух главных барьеров: сложности выбора подходящего референсного генома и трудности интерпретации хромосомной синтенности на основе зашумленных нуклеотидных выравниваний. Методология Hobrac сочетает автоматический подбор референсных последовательностей с использованием генного подхода, дополняя нуклеотидные выравнивания консервативными ортологами BUSCO. Это позволяет значительно повысить точность структурного сравнения геномов. Инструмент генерирует высококачественные визуализации, включая точечные диаграммы (dotplots), ленточные диаграммы (ribbon-plots) и интерактивные карты синтенности, пригодные для научных публикаций. Hobrac доступен бесплатно в открытом доступе на GitHub и представляет значительный интерес для биоинформатиков, занимающихся геномной сборкой и эволюционным анализом.