В данном исследовании представлены новые параметры анализа ближайших соседей, предназначенные для оценки изменения свободной энергии при фолдинге РНК, с учетом модификации 1-метил-псевдоуридин. Эта модификация играет критическую роль в разработке мРНК-вакцин, так как она позволяет подавлять врожденный иммунный ответ организма. Авторы разработали новые параметры спиральных терминов для пар оснований 1-метил-псевдоуридин-аденин и 1-метил-псевдоуридин-гуанин, а также параметры стабильности петель. Методология основывалась на проведении 208 экспериментов по оптическому плавлению, которые затем были протестированы на дополнительных 16 экспериментах. Результаты показали, что замена уридина на 1-метил-псевдоуридин в среднем стабилизирует фолдинг РНК, при этом степень стабилизации варьируется в зависимости от соседней последовательности. Применение новых параметров позволило значительно улучшить моделирование ансамблей фолдинга тРНК. Разработанные данные интегрированы в программный пакет RNAstructure, что позволяет эффективно моделировать вторичные структуры как природных последовательностей, так и терапевтических мРНК.