Исследование посвящено оптимизации процесса сборки метагеномов с использованием инструмента MEGAHIT для более эффективного обнаружения функциональных генов, таких как гены антибиотикорезистентности (ARG) и кластеры биосинтетических генов (BGC). Авторы проанализировали 17 метагеномов пещерных отложений и 10 метагеномов сточных вод, протестировав 19 различных сценариев настройки наборов k-меров. Результаты показали, что использование более детальных (finer-grained) диапазонов k-меров значительно улучшает восстановление BGC в пещерных образцах и критически важно для обнаружения ARG в сточных водах, однако это требует существенно большего времени вычислений. В то же время, сокращение набора k-меров позволяет снизить вычислительные затраты, но несет риск потери биологически значимых сигналов. Работа предоставляет количественную основу для выбора параметров сборки в зависимости от приоритетов исследования: скорости обработки или полноты обнаружения функциональных генов. Данные выводы имеют важное значение для биоинформатического анализа микробиомных данных в контексте мониторинга резистентности к антибиотикам.