Представлен DModE — инновационный программный фреймворк, предназначенный для сквозного анализа данных прямого секвенирования РНК (DRS) с использованием технологии Nanopore. Основная проблема текущих методов заключается в необходимости ручной интеграции множества разрозненных инструментов для оценки экспрессии и выявления модификаций РНК. DModE решает эту задачу, объединяя препроцессинг на базе Nextflow (совместимый с Epi2ME) и специализированный Python-пакет для глубокого статистического анализа. Платформа позволяет проводить дифференциальный анализ экспрессии генов и изоформ, а также выявлять изменения в модификациях РНК на геномном и транскриптомном уровнях. Ключевой особенностью является возможность автоматического построения интерактивных HTML-отчетов, включающих метагенное профилирование и оценку взаимосвязи между динамикой экспрессии и эпитранскриптомными изменениями. Внедрение DModE значительно снижает порог вхождения для исследователей и упрощает комплексное изучение биологии РНК-модификаций.