Nanopore

Исследование представляет deluxpore — специализированный биоинформатический конвейер на базе Nextflow, разработанный для решения проблемы демультиплексирования гибридных библиотек. Авторы решают критическую задачу: совмещение таргетного метагеномного захвата с секвенированием длинными прочтениями (ONT), что ранее было затруднено несовместимостью протоколов. Инструмент использует алгоритмы выравнивания BLAST и сопоставление по расстоянию Левенштейна для обработки прочтений Nanopore, полученных из библиотек Illumina (NEBNext и Nextera). В ходе бенчмаркинга на 18 репликатах было установлено, что для успешной работы необходима точность данных не ниже Q20. Результаты показали, что использование уникальных индексов для каждого образца обеспечивает восстановление 91,7% образцов при Q20, в то время как комбинаторные подходы дают лишь 46,1%. Также авторы оптимизировали конфигурацию из 8 образцов, достигнув точности около 95% при качестве Q20, и выявили проблемные пары индексов в наборе NEBNext Primer Set A. Данная разработка позволяет автоматизировать и сделать надежными рабочие процессы гибридного секвенирования.