В статье представлен NANOTAXI — инновационный программный инструмент с графическим интерфейсом (GUI) на базе R Shiny, предназначенный для автоматизированной таксономической классификации данных секвенирования 16S рРНК с использованием технологии Oxford Nanopore. Платформа решает проблему сложности биоинформатического анализа длинных чтений, предоставляя пользователям возможность мониторинга данных в реальном времени и проведения глубокого микробиомного анализа. Система интегрирует четыре различных таксономических классификатора и пять эталонных баз данных, что позволяет гибко настраивать стратегии анализа под конкретные вычислительные ресурсы. Помимо классификации, NANOTAXI поддерживает расчет альфа- и бета-разнообразия, ординацию, тестирование дифференциальной экспрессии и функциональный анализ с помощью PICRUSt2. Валидация на синтетических сообществах и контрольных образцах ZymoBIOMICS подтвердила биологическую достоверность полученных профилей. Сравнительное тестирование (бенчмаркинг) показало, что классификатор Emu обеспечивает минимальный уровень ложноположительных результатов на уровне видов, в то время как Kraken2 демонстрирует наивысшую скорость, обеспечивая непрерывный мониторинг в режиме, близком к реальному времени.