В статье представлен новый статистический метод LOCOM2, разработанный для решения критических проблем анализа данных микробиома, таких как ошибки в контроле уровня ложноположительных результатов (FDR), что способствует кризису воспроизводимости в исследованиях. Авторы предлагают усовершенствованную схему взвешивания, которая устраняет влияние размера библиотек и позволяет работать с данными относительной численности вместо прямых подсчетов чтений. В отличие от своего предшественника LOCOM, новый метод заменяет ресурсоемкие процедуры перестановок тестом Вальда, что значительно повышает вычислительную эффективность при работе с крупномасштабными исследованиями. В ходе масштабного тестирования с использованием симулятора MIDASim и трех шаблонов данных различных участков тела, LOCOM2 продемонстрировал превосходство над современными методами, такими как LinDA, ANCOM-BC2, MaAsLin2 и MaAsLin3. Результаты показали, что LOCOM2 обеспечивает точный контроль FDR во всех сценариях моделирования, в то время как другие методы не справлялись с этой задачей стабильно. Кроме того, метод показал наивысшую чувствительность при обнаружении истинных биологических сигналов, что подтверждается применением алгоритма к трем реальным наборам данных микробиома.