В исследовании представлен MeioBIOME — новый модульный биоинформатический конвейер на базе Snakemake, предназначенный для одновременного анализа геномов мейофауны (микроскопических многоклеточных) и их микробиомов. Традиционные методы анализа часто не позволяют точно определить таксономию бактерий или разделять геномы хозяина и микробов, в то время как MeioBIOME решает задачу двойного анализа: восстановления однокопийных генов (SCG) хозяина для филогенетической идентификации и сборки метагеномно-собранных геномов (MAG) симбионтов. Авторы протестировали инструмент на публичных наборах данных и продемонстрировали, что интеграция современных алгоритмов биннинга позволяет генерировать большее количество MAG, чем стандартный конвейер DOE Joint Genome Institute. Данный инструмент критически важен для изучения филосимбиоза и биогеохимических циклов, обеспечивая высокую точность разделения генетического материала хозяина и его микробиотического сообщества. Метод позволяет преодолеть ограничения методов метабаркодинга 16S rRNA, предоставляя более высокое разрешение на уровне штаммов.