В статье представлена платформа MAPS (Multi-modal Alignment, Processing and Synthesis) для пространственной биологии, которая решает давнюю проблему объединения разрозненных многомодальных данных в единую физическую и молекулярную координатную систему. Платформа состоит из трех компонентов: MAPS-alignment для сверхбыстрого выравнивания любых модальностей, MAPS-integration для интегрированной (с якорем и без) реконструкции 3D многомодальных данных, и MAPS-Explorer для интерактивного 3D-анализа в больших масштабах. MAPS превзошла существующие методы в обширных тестах на 34 наборах данных, охватывающих 16 технологических платформ и 6 модальностей, и позволила детально описать тонкую многомодальную тканевую архитектуру у мышей и человека. В рамках межконсорциумного масштаба MAPS интегрировала 434 среза, содержащих 21 миллион клеток из 18 атласов и 5 модальностей, создав наиболее полный 3D многомодальный атлас мозга мыши. На уровне отдельной лаборатории MAPS позволила стандартным 2D пространственным анализам реконструировать непрерывные 3D многомодальные ландшафты гепатоцеллюлярной карциномы человека, выявив ограничения 2D пространственных взаимосвязей и обнаружив зависимые от глубины переходы иммунных состояний. Платформа использует методы машинного обучения для интеграции данных, что делает ее значимым инструментом для биомедицинских исследований, особенно в онкологии и нейробиологии.