Исследователи представили MAAMOUL — новый вычислительный фреймворк, предназначенный для интеграции метагеномных и метаболомных данных с целью выявления функциональных изменений в микробиоме, связанных с заболеваниями. В отличие от традиционных методов, которые опираются на фиксированные границы метаболических путей, MAAMOUL использует знания о бактериальном метаболизме для построения глобальной сети и идентификации кастомных метаболических модулей. Применение метода к наборам данных пациентов с воспалительными заболеваниями кишечника (ВЗК/IBD) и синдромом раздраженного кишечника (СРК/IBS) показало высокую эффективность: были обнаружены специфические модули, которые пропускали стандартные методы анализа путей. В частности, при ВЗК выявлены нарушения метаболизма серы и ароматических аминокислот, а также усиление механизмов спасения нуклеотидов микробиомом. Для СРК характерны изменения в метаболизме пуринов и никотината/никотинамида. Данный подход позволяет проводить глубокую мультиомиксную интеграцию, раскрывая когерентные функциональные сдвиги, недоступные при раздельном анализе генов или метаболитов.