В статье представлен Allos — новый программный фреймворк на языке Python, разработанный для решения критической проблемы в современной транскриптомике: потери данных об альтернативном сплайсинге при анализе на уровне генов. Большинство существующих методов объединяют транскрипционное разнообразие в общие показатели экспрессии генов, что скрывает важную информацию об использовании изоформ. Allos базируется на модели данных AnnData и обеспечивает нативную поддержку количественной оценки на уровне транскриптов, интегрируясь с аннотациями GTF/GFF и FASTA. Инструментарий позволяет проводить скрининг дифференциального использования изоформ, структурную интерпретацию транскриптов и анализ на уровне белков для данных bulk, single-cell и пространственной транскриптомики. Благодаря совместимости с экосистемой scverse, Allos позволяет объединять анализ изоформ с уже установленными рабочими процессами на уровне генов. Проект является открытым (open-source) и доступен на GitHub, предоставляя пользователям модульную архитектуру для работы как с длинными, так и с короткими прочтениями (long-read и short-read sequencing).