Python

В статье представлен circStudio — новый специализированный Python-пакет, предназначенный для комплексной работы с данными актиграфии, которые собираются с носимых устройств. Разработчики объединили разрозненные инструменты для мониторинга двигательной активности, воздействия света и температуры в единую программную среду. Пакет построен на базе кодовой базы pyActigraphy и интегрирует математические модели циркадных ритмов из пакета Arcascope. circStudio предлагает гибкие инструменты предобработки, поддержку различных форматов файлов через адаптеры и набор функций для вычисления стандартных метрик актиграфии. Основная ценность инструмента заключается в возможности бесшовного перехода от сырых данных носимых устройств к физиологически интерпретируемым результатам моделирования циркадных ритмов. Это решение значительно снижает вычислительные затраты и повышает воспроизводимость исследований в области цифрового здравоохранения, сомнологии и циркадной биологии.

В статье представлен PoolParty — новый программный пакет на языке Python, предназначенный для автоматизации и упрощения процесса проектирования сложных библиотек олигонуклеотидных пулов. Разработка решает проблему трудоемкости и высокой вероятности ошибок при создании последовательностей ДНК, которые критически важны для высокопроизводительных анализов и in silico анализа геномных моделей ИИ. Методология основана на использовании вычислительных графов, позволяющих описывать структуру библиотеки всего несколькими строками кода через гибкий API. Пакет включает более 50 встроенных операций, охватывающих мутагенез на уровне нуклеотидов и кодонов, вставку мотивов и генерацию баркодов. Одной из ключевых особенностей является использование «дизайн-карт» (design cards), которые предоставляют детальную документацию о способе генерации каждой конкретной последовательности. Инструмент представляет значительный интерес для исследователей, занимающихся биоинформатикой и обучением нейросетей на генетических данных.

Представлен новый инструмент gbdraw, предназначенный для автоматизированного создания графических диаграмм циклических и линейных геномов микроорганизмов и органелл. Разработчик предлагает решение проблемы выбора между сложными библиотеками для программирования и громоздкими графическими приложениями. Инструмент поддерживает работу с форматами GenBank, DDBJ, а также комбинациями GFF3 и FASTA. Основной функционал включает визуализацию аннотированных признаков, построение графиков GC-состава и GC-skew, а также возможность проведения сравнительного геномного анализа. Ключевой особенностью является архитектура без использования сервера: веб-приложение работает полностью в браузере пользователя, что гарантирует безопасность конфиденциальных данных, так как последовательности не передаются на удаленные серверы. gbdraw доступен как в виде GUI-приложения, так и в виде утилиты командной строки на языке Python 3.10+, распространяется под лицензией MIT и может быть установлен через Bioconda.