Исследование посвящено проверке гипотезы о том, что ферменты в метаболических путях организованы пространственно для эффективной передачи субстратов (метаболическое каналирование). Авторы протестировали современные методы предсказания белок-белковых взаимодействий, включая AlphaFold2, AlphaFold3, ESMFold и HDOCK, на наборе данных из 112 низкоаффинных димеров. Результаты показали, что подходы на базе AlphaFold наиболее эффективно восстанавливают геометрию взаимодействий, в то время как ESMFold демонстрирует ограниченную точность. С помощью разработанного вычислительного метода анализа 107 пар последовательных ферментов E. coli было установлено, что, хотя ферменты имеют тенденцию к физическому взаимодействию, их каталитические центры не расположены в пространственно оптимизированных конфигурациях. В предсказанных комплексах расстояние между активными центрами не оказывается меньше, чем можно было бы ожидать при случайном расположении. Данная работа предлагает новый вычислительный рабочий процесс для анализа структурной организации метаболизма с помощью ИИ-моделирования.