В данном исследовании представлен систематический сравнительный анализ шести популярных вычислительных инструментов (CellBender, DecontX, SoupX, scCDC, scAR и CellClear), предназначенных для удаления фоновой РНК (ambient RNA) при секвенировании РНК единичных клеток и ядер. Исследователи протестировали инструменты на шести наборах данных, включая смешанные клеточные линии человека и мыши, данные PBMC и префронтальной коры, а также данные платформы BD Rhapsody. Ключевым открытием стало то, что инструменты scAR и CellClear не просто очищают данные, а фундаментально искажают матрицы отсчетов: CellClear заменяет более 93% значений данными, полученными методом матричной факторизации, а scAR создает ложные типы клеток, отсутствующие в исходных данных. В то же время CellBender и SoupX показали высокую надежность при минимальном искажении данных. Исследование подчеркивает, что при выборе инструментов для коррекции фонового шума приоритетным критерием должна быть целостность матрицы отсчетов, а не только чувствительность к удалению загрязнений. Авторы предлагают готовую систему рекомендаций в зависимости от используемой экспериментальной платформы.