В исследовании представлен новый алгоритм DDI_single, предназначенный для решения критической задачи моделирования пространственного расположения доменов в многодоменных белках. В отличие от существующих методов, фокусирующихся на внутренней структуре отдельных доменов, DDI_single использует возможности языковой модели белка ESM-1b для извлечения признаков непосредственно из аминокислотной последовательности. Ключевым инновационным компонентом является модуль gated cross-attention, который позволяет точно предсказывать взаимодействия между парами остатков различных структурных доменов. Результаты тестирования показали, что алгоритм превосходит trRosettaX_single по точности предсказания относительных расстояний между доменами более чем на 20%. При сборке доменов с известной пространственной конформацией метод продемонстрировал точность 74,4% (TM-score > 0.5), а при работе с неизвестными конформациями — 73,9% (при условии корректного моделирования внутренних структур доменов). Данная разработка имеет высокую значимость для структурной биологии и рационального дизайна лекарственных препаратов, позволяя лучше понимать функции сложных белков.