В исследовании представлен новый биоинформатический метод под названием «robust permutation» (робастная пермутация), предназначенный для анализа функциональной значимости генов в микробиоме. Авторы указывают на критическую проблему существующих методов филогенетической регрессии: при анализе данных о дифференциальной численности микроорганизмов (например, при сравнении здорового кишечника и кишечника при патологии) наблюдается антиконсервативное смещение, что ведет к высокому уровню ложноположительных результатов. Разработанный непараметрический метод «robust permutation» прошел тестирование на реалистичных симуляциях метагеномных данных, показав превосходство в статистической мощности при строгом контроле частоты ложных срабатываний. Практическая значимость метода подтверждена на примере исследования пациентов с циррозом печени: с его помощью было обнаружено, что изменение численности бактерий семейства Lachnospiraceae связано с ранее не охарактеризованным железосерным транскрипционным фактором. Этот фактор расположен рядом с гомологами системы бутирил-CoA оксидоредуктазы, отвечающей за детоксикацию кислорода. Таким образом, новый метод позволяет генерировать новые молекулярные гипотезы непосредственно на основе метагеномных данных клинических исследований.